Высшим руководящим органом Организации является общее собрание членов Организации.
Постоянно действующим коллегиальным руководящим и исполнительным органом Организации является Координационный совет Организации.
На постоянной основе оперативную работу Организации выполняет ответственный секретарь.
В структуре РАЭИФ по мере необходимости в связи с возникновением актуальных задач создаются комитеты.